Bueno, pues al final lo he arreglado con lo que viene aquí:
http://www.crysfel.com/index.php/200...-y-el-z-index/
Mi problema era que lo que hacía era un iframe con la dirección donde estaba el flash, lo he cambiado por el código embebido del flash para poder aplicarle lo que viene en el link anterior, y ya funciona perfectamente.
saludos.