Como separar la web del tema (presentacion)

[Harchet]

Buenas, soy nuevo por aquí y hace poco que he empezado a diseñar webs, mi duda es la siguiente. Estoy creando una web con jsp, y quiero separar la capa de presentacion de la logica de la web, es decir que no tenga que escribir el mismo codigo en cada pagina para que el header, el sidebar etc sean iguales, me gustaria definir de alguna manera el tema que van a seguir y en cada pagina llamar a un codigo javascript o jsp y que el me lo incrustara en la web.

Como podría conseguri esto? Se podría hacer con javaScript? SI es así de que manera y que parametros debería devolver el metodo en cuestion?

Gracias