puedes hacerlo transfiriendo los archivos con las funciones de FTP que posee PHP para este trabajo, o de una manera mas facil, pero creo que menos segura, transfiriendolos por medio del POST del form, para ello existen funciones como copy() que copian archivos de un disco duro del usuario al servidor, para averiguar mas al respecto consulta el manual de
www.php.net , busca por la funcion copy()
Saludos