Problema al seleccionar registros

[phyronx]

Aver si me explico, tengo una tabla con unos 20000 registros, con el campo nombre y el campo coordenadas, en este las coordenadas estan vacias. Y tengo otra tabla con los mismos 2 campos, pero en esta tabla solo hay 18000 registros, pero con sus coordenadas, aún asi los nombres de la segunda tabla no todos estan en la primera.
Ahora al tema, hize un select que me seleccionara el registro en la segunda tabla cuyo nombre saliera en la primera, y me grabara las coordenadas en la primera tabla. Pero al ser tantos registros el ordenador me dice k me pire, y me da el error de exceded 30 s, y k nada, entonces dije, sigo con el mismo select pero a la vez k me borre de la tabla 2 el registro cuyas coordenadas ya hayan sido guardadas en el registro con el mismo nombre en la tabla 1. Asi voy descargandole faena al pc.. Tambien le pongo al select un LIMIT 0,20 y arriba un meta que hace k se vualva a cargar la pagina cada 5 segundos por ejemplo. Aún asi, al principio va haciendo bien, pero cuando ya hay unos 1000 primeros registros k el nombre de la tabla2 no coincide con los de la tabla 1, me sale lo de exceded 30s, ya k no le da tiempo a leerlo todo. NO se si es causa de mi viejo y lento ordenador jejeje

Pues eso busco una solucion... He hasta ordenado los registros por diferentes campos nuevos ,y algunos registros mas e podido agregar.

Otra solucion, aunque no se si se puede seria borrar de la tabla 2 los registros cuyo campo nombre no coincida con ningun registro del campo uno. Pero no se si se puede... Ademas k soy novato... jeje

He provado con un Select * FROM tabla1,tabla2 WHERE tabla1.nombre!=tabla2.nombre

y asi poder borrar registros k no kiero y vaciar un poco la tabla. Pero no se si dentro el select esto " != " funciona jejej

alguna solucion????

Decir tb que llebo horas ingeniandomelas... asi si hay una solucion sencilla k no se me ocurrio, decidmela suavemente k sino me puede cojer un atake.. xD