Aquí se habló del tema . leelo es interesante:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...hreadid=107066
Basícamente .. el problema de PHP al salir al sistema operativo con sus funciones como exec() .. system() y similares es el Usuario con el que sale .. Para interactuar con ciertas aplicaciones como las que mencionas se suele requerir de cierto usuario o incluso que sea el "root" quien lo ejecute .. Ahí en ese mensaje se te ofrecen alternativas para hacerlo .. Tambien se mencionan sus pro y contras.
Un saludo,