A las capas o layers también puedes agregarles estilos CSS para conseguir ciertos efectos como transparencias, sombras, etc.
Y algo más que útil para conseguir efectos dinámicos es utilizarlas con líneas de tiempo (Timelines), con lo cual puedes animarlas y conseguir efectos bastante interesantes.
El tema es más que extenso, te recomiendo buscar tutoriales através de algún buscador como google.
También puedes visitar
mekano donde se utilizan layers y timelines para desarrollar pequeñas animaciones minimalistas al hacer mouseover sobre el menú de navegación.
Y estos otros:
iso50.com phiffer
Espero te sean de utilidad
Saludos