Claro, es lo que cabría esperar que pase.
Ahora la parte que te ha faltado:
¿qué es lo que quieres que ocurra cuando el contenido de #principal supera el 100% en (supongo) altura?
Me imagino que esperas que siga creciendo la ventana del navegador hacia abajo y aparezca el scroll vertical.
¿Qué tal voy como adivino?
Si es eso, el padre de #principal (el body) no puede crecer ni sacar las barras de scroll (le has dicho que mida el 100% y sólo el 100%). Así que tendrás que hacer que aparentemente lo haga, pero el que debe sacar el scroll es su hijo (el #principal).
Así que a esa caja (#principal o como la llames) ponle la propiedad "overflow-y: auto"
Podrías utilizar min-height para el body, pero eso ie6 no lo entiende.
Todo lo anterior suponiendo que obligatóriamente body tenga que tener una altura de 100%. Si no es así, con borrar eso arreglado
Consejo para otra vez: cada consulta en su tema. Es más efectivo para que obtengas más respuestas específicas a tu consulta.