Cita:
Iniciado por abimaelrc 
Como estas controlando los checkbox con javascript vas a tener que aprender a usar los porque para que te resulte mejor vas a tener que usar el ultimo ejemplo que pusiste
<input name='opcion[]' value='".$dat["id_asignatura"]."' type='checkbox'>
la verdad estube revisando la informacion que mencionar pero no entiendo muy bien a que hace referencia si depronto tienes un ejemplo o algo en que guiarme seria genial