Hola,
Tu lo que quieres es tener un config.php que tenga este formato:
Código PHP:
<?php
$var1='valor';
$var2='valor';
$var3='valor';
?>
Entonces en el fwrite() debes pasar la cadena de texto que quieres escribir. En tu caso algo como:
Código PHP:
$cadena="<?phpn";
$cadena.="$var1='valor';n";
$cadena.="$var2='valor';n";
$cadena.="$var3='valor';n";
$cadena.="?>\n";
fwrite($fp,$cadena);
Espero haber sido de ayuda.