Gracias, al final como quedo funcionando fue:
Código PHP:
application/
|-- Bootstrap.php
|-- configs
| `-- application.ini
|-- controllers
| |-- ErrorController.php
| `-- IndexController.php
|-- forms
| `-- Login.php
|-- layouts
| `-- scripts
| `-- layout.phtml
|-- log
| |-- log
| `-- log~
|-- models
| |-- ListaAcceso.php
| `-- Users.php
|-- modules
| |-- admin
| | |-- Bootstrap.php
| | |-- controllers
| | | `-- IndexController.php
| | |-- models
| | `-- views
| | |-- helpers
| | `-- scripts
| | |-- error
| | | `-- error.phtml
| | `-- index
| | `-- index.phtml
| |-- cliente
| | |-- controllers
| | |-- models
| | `-- views
| | |-- helpers
| | `-- scripts
| | |-- error
| | | `-- error.phtml
| | `-- index
| | `-- index.phtml
| |-- spradmin
| | |-- controllers
| | |-- models
| | `-- views
| | |-- helpers
| | `-- scripts
| | |-- error
| | | `-- error.phtml
| | `-- index
| | `-- index.phtml
| `-- test
| |-- controllers
| |-- models
| `-- views
| |-- helpers
| `-- scripts
| |-- error
| | `-- error.phtml
| `-- index
| `-- index.phtml
`-- views
|-- helpers
`-- scripts
|-- error
| `-- error.phtml
`-- index
|-- index.phtml
`-- logout.phtml
Y el bootstrap principal no hizo falta agregarle alguna ruta extra. Gracias por la ayuda Gatorv