yo opino que si bien estos requete repasados CMS's (postnuke, phpnuke etc etc) pueden tener errores, son minimos, creo que te podrias arriesgar mas a tener errores cuando desarrollas tus propios sistemas a no ser que seas muy cuidadoso y experimentado tanto en el lenguaje como en la tecnica, y para lograr ambas cosas se necesita tiempo y dedicacion, y me imagino que tiempo no deberas tener mucho, por lo tanto elejir uno de estos sistemas como la alternativa mas cercana es lo mas conveniente segun mi opinion.
Ahora, respondiendo a tus preguntas...
Cita: ¿Puedo desarrollar páginas php (como las hacía en asp) y luego poner enlaces en el bloque de secciones y que se abrán estás páginas en la parte central del portal? ¿Cómo? Tienes algún pequeño ejemplo.
si, si se puede y es muy sencillo, se puede hacer desde el bloque de administracion de secciones o tal vez si quieres hacerlo tu mismo puedes programar el bloque e incluirlo a travez de la admin de bloques.
Cita: ¿Es mejor que lo haga en phpnuke o postnuke? Por lo que he visto de phpnuke hay más cosas.
es cierto, para phpnuke hay mas variedad, hace tiempo que no veo como va ese proyecto (phpnuke) porque en la actualidad trabajo con postnuke, lo que te puedo decir es que las personas que trabajans en el desarrollo de ellos(ambos) cada vez se preocupa mas por cosas como la seguridad y el desarrollo de subaplicaciones por parte de terceras partes(nosotros) a travez de API's y separacion de capas de software que te hacen la vida mas simple y la personalizacion mas flexible...bueno la decision es tuya, te recomiendo que revises ambos, y elijas el que mas te guste