¿Te refieres al Paint, que trae el Windows normalito?
Probablemente es porque el png te está guardando la transparencia, y el paint dudo que la reconozca.
Probablemente es mejor que uses el formato bmp en ese caso, aunque ocupa bastante más espacio en disco.
Otra idea es que revises en inkscape la opción que no exporte la transparencia.
A ver si al rato puedo confirmar lo que te acabo de escribir... o ya me retractaré
Aparte de eso trata de ver si en
esos diferentes sitios puedes importar mejor, cierto formato. A veces Copy Paste no es la mejor opción, ya que se puede pegar como un objeto de otra aplicación.