Hola Juaniquillo
Como no sabemos el tipo de documentos que maneja, yo me refiero a todos.
Si sólo es html, pues tendrá que "codificar" (escribir) los carácteres en función del charset declarado en ella (y en el que es guardad).
Pero si lo guarda en una BD (por ejemplo) y los muestra mediante php tienen que coincidir ambos, tanto el utilizado en la base de D como en la página donde los rescata para servirlos.
Pero como siempre decimos, si apenas explicas, apenas concretamos
Un saludo