Hola, eso es por que aun no le has dicho a zend que trabajaras con modulos. En tu application.ini tienes que poner la siguientes lineas:
Código PHP:
resources.frontController.controllerDirectory = APPLICATION_PATH "/controllers"
resources.frontController.moduleDirectory = APPLICATION_PATH "/modules"
resources.modules[] =
Para tu primera pregunta, deja tus directorios de mvc que se crean dentro de application intactos, esos serán los de default.