señor kseso, permitame corregir lo anteriormente dicho, y debo decir que ni teniendo el div contenedor y su span interno(capa) el mismo z-index, mi problema no se ve solucionado, expongo micodigo nuevamente con tu sugerencia aplicada:
Código HTML:
<div style="position:relative;z-index:2;background:yellow;border:1px solid blue;height:100px;">contenedor1
<span style="position:absolute;z-index:2;background:blue;top:50px;left:50px;height:100px;width:100px;">
layer1
<br><br><br>layers de igual dimension
</span>
</div>
<br>
<div style="position:relative;z-index:2;background:yellow;border:1px solid blue;height:100px;">contenedor1
<span style="position:absolute;z-index:2;background:red;top:50px;left:50px;height:100px;width:100px;">
layer2
<br><br><br><br>aaaaaaa
</span>
</div>
hola como estan