Como separar la web del tema (presentacion)

[josevirtual]

creo que deberiamos de separar tu pregunta
1. si quieres separar una web en capas (estructura, diseño, programacion) busca en google "javascript no obstrucivo".
2. si quieres hacer una pagina reutilizable por ejemplo en php puedes inluirlo con la palabra include("archivo.php");

espero haberte ayudado unque no soy muy experto, pero espero que te sirva de algo