Sinceramente, si las empresas no se van a interactuar entre si, y cada una trabaja cosas diferentes, lo que te sugiero es hacerlas individuales. Ya que en un futuro te vas a encontrar que una de las empresas "puede" (digo asi porque no se de que son las empresas) pedirte algun cambio que requiera algun cambio en la estructura de la base de datos y te vas a liar si estan todas juntas. Solo expongo eso porque tu no sabes nunca lo que se espera en el futuro y siempre uno debe adelantarse a esos problemas. Solo hago esta observacion