Creo que se puede hacer con Cobian Backup 9. Búscalo y descárgalo, es gratuito. Podrías hacer para que, todos los días a una hora determinada, te guardara los archivos en 2 lugares a la vez.
Te explico los pasos, una vez instalado:
-Le das a Tarea>Adicionar tarea
-En Genérico, pincha en Tipo de respaldo > Diferencial
-En Ficheros>Fuente, selecciona los que quieras respaldar
-Abajo, en Destino, pincha Adicionar>Directorio (deben estar los dos discos conectados) y señala dónde quieres que se realice la copia. Primero selecciona una copia en el disco duro, y luego pincha otra vez y selecciona el USB.
-En la sección Horario le indicas a qué hora quieres hacer la copia
Prueba esta solución y nos cuentas qué tal te ha ido
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