para que los objetos flash no se superpongan al resto de elementos de la página debes utilizar el "vmode", ya sea con valor "opaque" o "transparent".
¿Ves la importancia de exponer el problema correctamente?
Y para cuestiones relativas a flash (creo haber entendido que es la última duda que planteas) hay
un subforo específico para esa materia.
Un saludo