Pues depende de esas pasarelas de pago q uses ..
Tu a ellas le tienes que enviar ciertos datos en el Formato que te pidan .. (via SSL) .. datos como tu cuenta .. monto total y cosas así ... (normalmente via GET pues apuntas a un
http://empresapasarela.com/cuenta=tal&monto=tal .. etc ...)
Cuando el usuario realiza el pago .. el sistema o bien te genera un mail diciendote "pepito ingresó X dinero en tu cuenta" y tu a su vez lo ves en tu panel de control y cuenta bancaria tuyas .. o bien generan algun tipo de variable que puedas obtener tu para usarla en tu programación .. como por ejemplo para almacenar o poner algun "flag" (bandera, estado) en tu BD como q pagó .. ademas de mandar el mail o avisar por otro medio.
Esos detalles debes de verlos con la empresa que contrates esos servicios ..
Si quieres mas detalles pregunta en el foro "E-bussines" ..
Un saludo,