Hola, sé que se hace bastante en flash.. pero porque no probás con
http://www.toonboom.com/ si de hecho no podes accedes a él, de todas formas encoté muchísimo material y muchos videos sobre cómo se usa, que creo tambien te serian utiles para flash.. en cuanto a la salida del material desde flash las opciones son varias.. desde exportar a AVI hasta secuencias de jpg.. que despues editaras en cualquier programa de video.... mi única recomendacion es que tengas tu escenario ya preparado en el tamaño de salida de video..