Código HTML:
function probar(){
var b=confirm("¿Desea cargarlo realmente?");
if(b!=false){
document.ja.submit(); //ja = nombre de formulario
}else{
}
}
<form name="ja" method="post" action="index.php"><input type="button" onClick="probar()"></form> lo probé y funciona.
Espero te sirva, saludos!.