no entiendo muy bien si te refieres a ejecutar un archivo exe como si fuera php o a ejecutar un exe desde php, asi que te respondo a las dos :D
1. puedes, con un interfaz
CGI o
fastCGI
pero obviamente tu ejecutable debera "hablar" http y sacar formatos que tu navegador pueda interpretar (como html)
2. puedes usar la funcion
system de php para ejecutar comandos en tu servidor, incluido correr ejecutables
pero obviamente si tu servidor es linux el ejecutable tiene que ser un elf, un exe de windows no correra ahi