Depende de la versión de tu phpMyAdmin .. pero sería en:
Código PHP:
$cfg['Servers'][$i]['host'] = 'localhost'; // MySQL hostname
$cfg['Servers'][$i]['port'] = ''; // MySQL port - leave blank for default port
$cfg['Servers'][$i]['socket'] = ''; // Path to the socket - leave blank for default socket
$cfg['Servers'][$i]['connect_type'] = 'tcp'; // How to connect to MySQL server ('tcp' or 'socket')
$cfg['Servers'][$i]['controluser'] = ''; // MySQL control user settings
// (this user must have read-only
$cfg['Servers'][$i]['controlpass'] = ''; // access to the "mysql/user"
// and "mysql/db" tables)
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'config'; // Authentication method (config, http or cookie based)?
$cfg['Servers'][$i]['user'] = 'root'; // MySQL user
$cfg['Servers'][$i]['password'] = ''; // MySQL password (only needed
// with 'config' auth_type)
Yo lo uso así con: phpMyAdmin 2.3.0-rc3 sin problemas .. (por lo menos no me da ese mensaje de aviso .. q por otro lado tiene razon xD).
Un saludo,