Todo lo que comenta WyLY ya tiene PHP implementada una función para tal fin.
chmod() ... (vaya . jeje se llama igual xD)
http://www.php.net/manual/en/function.chmod.php
Revisa los ejemplos .. y acuerdate que el famoso "777" o lo q corresponda de permisos ha de ser en "Octal" .. por lo tanto para ese caso es -Importantisimo- los ceros delante: 0777 ..
Con respecto al "numero" exacto de permiso que has de dar a cada tipo de archivo .. deberias ver un manual de "Linux" para ver como se compone dicho numero (o preguntas en el foro "Linux" de aquí ..)
Un saludo,