El código php se ejectuta en el servidor, y solo cuando termina su ejecución, es enviado al cliente (el navegador) que es el que ejecuta el javascript.
Lo que quiero decir es que el código que te indiqué antes se ejecuta al terminar el while. Otro tema es el de los iframes.
El php se limita a escribir el codigo html que le has puesto en el echo (que por otra parte no me gusta este método, es preferible cerrar el php, escribir el html y volver a abrir el php:
Código HTML:
?> <iframe></iframe> <?php
Después de esto se ejecuta el código javascript. Aunque al navegador no le haya dado tiempo a cargar el contenido de los iframes, el script php ya ha terminado.