Vayamos por partes:
en primer lugar, no entiendo cómo has hehco el menú, ya que los 4 primeros elementos son divs independientes, y luego el último, el único desplegable, es el único que realmente es un menú.
Luego, mira el código que has puesto:
Cita: <div id="menu">
<ul>
<li class="nivel1"><a href="menu.html" class="nivel1">La Carta</a>
<!--[if lte IE 6]><a href="menu.html" class="nivel1ie">Opción 1<table class="falsa"><tr><td><![endif]-->
<ul>
<li><a href="menu_del_dia.html">Menú del Dia</strong></a></li>
<li><a href="menu_degustacion.html">Menú Degustación</a></li>
<li><a href="menu_vinos.html">Vinos</a></li>
</ul>
<!--[if lte IE 6]></td></tr></table></a><![endif]-->
</li>
<!--[if lte IE 6]></td></tr></table></a><![endif]-->
</li>
</ul>
</div>
Cierras dos veces el TD y la tabla para IE6, y dos veces el LI. Primero haz que eso esté bien y luego seguimos.