Es posible que los cambios aún no se hayan propagado. En cualquier caso, al directorio cgi-bin no se debería subir nada que no sea un CGI. Me figuro que algo ha fallado en alguno de los pasos: ya sea comunicar al registrador del dominio cuales son los NSs nuevos a usar, o la propagación, o alguno de estos. Si estás usando EditDNS ten en cuenta lo del ataque DOS que han sufrido.
Pepasa punto por punto la
configuración del dominio, hosting y servidores de nombres por si hay algo equivocado.
Un saludo.