Por no dejarlo así y como pasatiempo, me he permitido mostrarte a qué me refería con que tenéis una estructra muy complicada, haciendo un ejemplo para que podáis ver lo sencillísima que puede (y debe) ser la estructura de vuestro diseño (sin javascript).
Ejemplo
Esta es la hoja de estilo, también sencillísima comparada con lo que había.
Os daréis cuenta de que haciendo las cosas bien, estandar y compatibles, no siempre es necesario un diseño específico para IE6, siendo en este caso casi idéntico al de Firefox (sólo está probado en FF y IE6).
Dos cosas: 1) veréis un pequeño error de color en el pie, y es porque no habéis usado exactamente el mismo degradado que para el cuerpo; 2) para el fondo he hecho una
imagen que coloco como fondo del body, lo que simplifica enormemente todo lo que intentábais con los lados derecho e izquierdo.
Espero que esto os dé una pista de por dónde continuar.
Saludos.