Gracias javi
, con tu aporte he podido hacer algo entendiendo lo que estoy haciendo,
el problema es que no se me visualiza en tiempo real 
,de hecho no hace nada de nada. No quiero que la función en si se quede implícita hasta que internamente me salte el "alert" sino que el usuario pueda ir controlando lo que lleva gastado de tiempo o lo que le falte para que se le termine la partida.
Aquí os dejo el código que he podido desarrollar según lo que me dió javi (no lo sé si esta bien pero he intentado dejar comentarios para que me la gente entienda lo que hace para los que no saben y para los que saben para que me comprendan mejor o me corrijan.
He añadido el .js en el archivo .html con esta referencia:
head .html
Código:
<script src="js/cronometro.js" type="text/javascript"></script>
.html
Código:
<body onload="cronometro()">
.js
Código:
// Se supone que esta variable externamente nos aportará un valor "limite"
// si esta limitado (cuentaAtrás) o si vale otra cosa va normal el cronómetro.
var reto = 'noLimite';
// Este valor también nos vendrá dado externamente del servidor puesto que este valor puede ser de una partida ya
// empezada y el jugador llevara consumidos 40segundos por ejemplo.
var segundos = 0;
//Función que me permite poner el cronómetro en modo normal
function tiempo()
{
segundos+=1; //Incremento +1 a la variable "segundos"
if(segundos == 15) //Se supone que no hay tope en principio pero que lo pondremos para que lo básico sepamos que funciona
{
alert('ya');
}
}
//Fución que me permite poner el cronómetro en modo cuenta atrás
function tiempoAtras()
{
segundos-=1; //Le resto -1 a la variable "segundos"
if(segundos <= 0)
{
alert('Tiempo límite alcanzado ¡fin de partida!');
}
}
//Dependiendo del valor que tenga "reto" utilizará un modo u otro de cronómetro
function cronometro()
{
if(reto == limite)
{
var id = setInterval("tiempoAtras()",1000);//Ejecuta la función "tiempoAtras" cada segundo
}
else
{
var id = setInterval("tiempo()",1000);//Ejecuta la función "tiempo" cada segundo
}
}
La verdad desde siempre me me dió un poco mal javascript porque nunca me dieron una clase como la que me pudieron dar en html o xhtml... como es más complejo puesto que es programación pues cuesta más pero el problema es que muchas de las funciones que tiene las desconozco cosa que con las etiquetas de xhtml no me pasa :( . Sin embargo de php se me da un poco mejor, conozco más funciones y me lo explicaron mejor. :D Pero en esta práctica no puedo usar php :(