Hola, los errores que tienes no tienen nada que ver con que uses php:
Cita: cuando lo valido localmente, como html no tengo problemas, puedo ver los errores, pero luego de usar los includes y cambiar la extension a php ya no puedo validarlo mas. Osea, de php no tiene mas que eso.
El validador revisa el código de salida que manda el servidor, no influye la extensión ni que contenga código php porque el código php no llega al navegador. Los includes no te están jodiendo la validación sino, por un lado, los elementos de bloque (h2, p) que tienes dentro de elementos de linea (span), usa div en lugar de span para crear un bloque de elementos, y por otro faltan atributos en las etiquetas textarea y tienes ids repetidos, los identificadores (id) deben ser únicos, si se van a repetir usa una clase (class) en lugar de un id.
Salud!
EDITO: Lo siento, se ve que no te entendí en un principio, pensaba borrar mi respuesta pero la dejo por si te sirve de todos modos. ;)