Oscommerce no está diseñado para el uso de plantillas, es su punto más débil.
Por eso recomiendo el STS. Mira el código de la plantilla de STS y comparalo con el index de oscommerce:
Código:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html $htmlparams>
<head>
<!--$headcontent-->
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="stylesheet.css">
</head>
<body topmargin="0" bottommargin="0">
<table align="center" width="1000">
<tr>
<td>
<table border="0" width="100%" cellspacing="0" cellpadding="10">
<tr class="header">
<td valign="middle">
<img border="0" src="images/logo.jpg"></td>
<td align="center">$banner_only</td>
</tr>
<tr>
<td align="right" colspan="2" class="headerMenu"><table>
<tr>
<td>$myaccountlogoff</td><td>$cartcontents</td><td>$checkout</td>
</tr>
</table>
</td>
</tr>
</table>
<table border="0" width="100%" cellspacing="0" cellpadding="1">
<tr class="headerNavigation">
<td class="headerNavigation">
$breadcrumbs
</td>
<td align="right" class="headerNavigation"> </td>
</tr>
</table>
<table border="0" width="100%" cellspacing="3" cellpadding="3">
<tr>
<td valign="top" width="125">
<table border="0" width="125" cellspacing="0" cellpadding="2">
<tr><td>$catmenu</td></tr>
<tr><td>$categorybox</td></tr>
<tr><td>$manufacturerbox</td></tr>
<tr><td>$whatsnewbox</td></tr>
<tr><td>$specialbox</td></tr>
<tr><td>$searchbox</td></tr>
<tr><td>$informationbox</td></tr>
</table>
</td>
<td valign="top">
<p>This is the default template<br>
</p>
<p>$content</p>
<p> </p>
</td>
<td valign="top" width="125">
<table border="0" width="125" cellspacing="0" cellpadding="2">
<tr><td>$cartbox</td></tr>
<tr><td>$maninfobox</td></tr>
<tr><td>$orderhistorybox</td></tr>
<tr><td>$bestsellersbox</td></tr>
<tr><td>$reviewsbox</td></tr>
<tr><td>$tellafriendbox</td></tr>
<tr><td>$languagebox</td></tr>
<tr><td>$currenciesbox</td></tr>
</table>
</td>
</tr>
</table>
<table border="0" width="100%" cellspacing="0" cellpadding="1">
<tr class="footer">
<td class="footer"> $date </td>
<td align="right" class="footer"> $numrequests </td>
</tr>
</table>
Esta plantilla es exactamente igual que la que trae por defecto oscommerce, pero STS te simplifica el código, por lo que crear tu propia plantilla se vuelve más fácil.