Cita: mi intención es que la barra de direcciones muestre misitio.com/HTML
Para lograr este tenes que pones un archivo index.php dentro de esa carpeta. De otra manera se van a listar los archivos pero no se va a ejecutar ninguno.
Cada carpeta puede tener su propio index, y este se obvia cuando se apunta a una carpeta desde la url. Si esta, se ejecuta. Si no esta, se listan los archivos.