¿¿No usan pdf?? Como siempre he comentado, una preprensa que no use pdf es una preprensa en la que no puedes confiar. Ya sea que es del año del caldo o simplemente los operadores no saben... operar.
Bueno. Aparte de eso. Sí puedes usar jpg para imagenes ligadas. Siempre va a haber alguien que pegue un grito en el cielo, pero sí puedes usarlo.
Pruebas de compresión-calidad aquí
Ojo, probablemente sí estés haciendo algo mal. Si en tu ilustrator hay mil fotos, de diferentes resoluciones, unas encima de otras, claro que puede pesar una tonelada de Mb.
Un archivo para la imprenta debe consistir en 1 mapa de bits* a 300dpi y unos cuantos vectores arriba; tipografía y garigoles sencillos.
*Obvio depende del diseño, pero suponiendo que la página tenga mil efectos de fondo, etc. En una página donde vengan 2 fotos pequeñitas, pues dejas 2 fotos pequeñitas.