Si, via extensiones .. Las extensiones de PHP estan escritas la mayoria en C (y en su versión windows compliadas en una .dll ).
Para eso puedes cargar por ejemplo una libreria dinamica via:
dl("tuextensionpropia");
o bien cargarla siempre via extension=tu_libreria en el php.ini
Algunos tutoriales:
Programación Extensiones (enfocado a Visual C++)
http://www.devarticles.com/art/1/170
Algo sobre C++
http://www.devarticles.com/art/1/32
Algo sobre .NET
http://www.devarticles.com/art/1/222
Tambien mas simple puedes interactuar con cualquier aplicación escrita en cualquier lenguaje tan solo con ejecutarla via por ejemplo:
exec() .. o system()
Esas funciones y mas q hay sobre el tema te permiten ejecutar la aplicación via una llamada al sistema operativo del servidor ..A su vez algunas de estas funciones te permiten obtener el valor que puedan entregar como salida.
mas info:
http://www.php.net/manual/en/ref.exec.php
Un saludo,