como funcionan los programas Java

[GreenEyed]

.- No. Sólo puede haber una clase pública por archivo .java y cuyo nombre ha de coincidir con el nombre del archivo, pero también puede haber además clases no públicas.
.- No. El main define que esa clase se puede llamar desde linea de comandos, pero puede haber tantas clases con main como te de la gana. Eso si, al ejecutar el programa, tu llamas a una de ellas.
.- No entiendo la pregunta. Las librerías a incluir se definen a través del concepto de classpath ( hay múltiples formas de hacerlo ) e incluye, en windows, caminos de ese tipo, así que no se a que te refieres..