Si conoces que PHP se ejecuta en el servidor .. y q javascript en el Cliente .. veras por ejemplo que tienes q "generar" con PHP esa porcion de código javascript partiendo de las variables/arrays PHP para que al entregarlo al cliente (via PHP) sea como si una pagina con javascript "plano" tuvieras.
Un ejemplo:
Código PHP:
<?php
$array_php=array("algo","nose","mascossa");
?>
<script languaje="javascript">
<?php
$i=0;
foreach ($array_php as $elemento){
echo "array_javascript[$i]='$elemento';\n";
$i++
}
?>
</script>
Por supuesto q le falta el resto de tu script .. pero basicamente puedes observar (y mas si editas ver->codigo fuente de tu pagina dinamica generada) como generas ese Javacript via ECHO's EN el Servidor .. para obtener una pagina HTML con ese javascript generado.
Si necesitas generar un .js .. al fin y al cabo es lo mismo .. salvo que en vez de hacer "echo" deberas generar un fichero de texto plano via funcines como fopen() y fwrite().
Un saludo,