Buena pregunta.
Le he dudado a responder, ya que no he profundizado en el tema por falta de tiempo.
Todo lo siguiente es simplemente una opinión infundada
Estoy en una situación semejante, aunque la respuesta sería, si el 2.5 es el más nuevo, pues ese. La evolución de Blender ya está encaminada. Así que es muy poco probable que se vaya a "retroceder" quizá en los shortcuts u organización de los menús.
No sé en cuanto a estabilidad y cosas así. Puedes tener los 2 instalados, al final de cuentas juega un poco con ambos. Para alguien que empieza será dificil depender de alguna función que provoque un "crash" en la versión alpha, para cuando la encuentres/necesites probablemente ya esté solucionada o en vías de solución. En unos meses pasará a la versión Beta, y en unos más una versión estable. Mismos meses que te tomará aprender a usarlo, ¿no?
Obviamente la ventaja del 2.49 son la cantidad de tutoriales. Juega un poco con ambos.