puedes intentar forzar la descarga:
php:
Código PHP:
$file = "directorio/archivo.exe";
header("Pragma: public");
header("Expires: 0");
header("Cache-Control: must-revalidate, post-check=0, pre-check=0");
header("Content-Type: application/force-download");
header( "Content-Disposition: attachment; filename=".basename($file));
header( "Content-Description: File Transfer");
@readfile($file);
pero no puedes de ninguna forma arrancar el programa automáticamente