El problema del servicio gratuito es saberlo administrar bien, tanto publicidad como cantidad de sitios aceptar ya que es muy comun ver los servicios de alta gratuita inmediata ver ese problema, debido a que como no hay un control de que sitios se dan de alta, suele ser muy problematico, ademas de algunas limitaciones que ponen.
Tambien otro problema clasico que surge es la publicidad, muchos usuarios a veces esperan los servicios gratuito con una publicidad, casi nula o cero publicidad, por lo cual es muy imposible poder ofrecer eso simplemente realicen esta pregunata ¿como van a soportar mi servicio gratuito? y ¿en que tipo de servidores estaran alojados mis servicios?.
La mejor opcion es un hosting de pago, aunque en caso de no tener los recursos hay muy buenos lugares donde encontrar servicios de hosting gratuito de calidad, un sitio que les recomiendo visitar es el siguiente:
http://www.php-hispano.net/hostings/