El salto de linea es:
\n .. aunque dependiendo del S.O. podria ser \r o \n\r .. eso al final de tu cadena a mandar al archivo.
fputs ($fichero, $linea."\n");
Y si vas hacer un monton de fputs() por X lineas q tengas .. acuerdate que puedes concatenar tus $lineas y mandarlo todo en un solo fputs():
Código PHP:
$lineas ="linea1\n";
$lineas .="linea2\n";
$lineas .="linea3\n";
$lineas .="linea4\n";
fputs($fichero,$lineas);
Un saludo,