Estimado las difenrecias votales se dan en la creaciòn de PDF o la exportaciòn difrecta en formato FLASH. Ademàs tiene opciones de texto condicional, guias inteligentes, el link panel es màs funcional, Cross References, etc.
Una de las razones principales es que uno tiene que estar siempre tratando de actualizarse y si en verdad no te cuesta mucho pues adelante. Y porque de esta forma puedes ir encontrando nuevas funciones que el programa va añadiendo con la finalidad de optimizar el resultado (= menor tiempo de producciòn).
Ademàs tiene una opciòn del PREFLIGHT.
Te recomiendo que veas el siguiente tutorial:
InDesign CS4 New Features
Erick Ragas