Upload de Archivos para Usuarios Registrados

[whelming]

Holas soy nuevo aquí... Gracias a los que respondan y me digan cómo hacerlo o me den una idea Thank's...

Ya tengo el Sistema de Registro y de logueo de Usuario Registrados.
El Sistema de Registro de Usuarios lo hice según http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpreusr/
(quisiera que me recomendaran si esta bien ó no)
El Sistema de Upload de Archivos también según http://blog.unijimpe.net/upload-de-archivos-con-php/
(Igualmente porfavor diganme si estos métodos son seguros o que tengo que hacer para volverlos seguros, gracias)

Lo que necesito ahora es Crear un Espacio de 100 MB para cada usuario registrado, en el que cada usuario tenga su espacio propio y único y que pueda subir sus archivos para almacenarlos en el servidor....
Lo que no logro imaginar es cómo tengo que organizar el Directorio del Servidor, Carpetas para que sea espacio único.
Pdt. Lo quiero hacer con PHP y MySql, recomiendenme si es seguro que lo haga así...
Si alguien pudiera ayudarme porfavor le estaría muy agradecido