Bueno a base de darle vueltas y vueltas y probar cosas he dado con la solución.
El problema estaba en la linea:
Código PHP:
SimpleAttributeSet s = (SimpleAttributeSet)it.getAttributes();
que para el caso de las etiquetas <a> funcionaba correctamente, pero en los enlaces <link> saltaba una ClassCastException. El valor retornado por it.getAttributes() en este caso no es del tipo SimpleAttributeSet (aunque no sé muy bien por qué) sino que es un AbstractDocument.AbstractElement.
La solución es la siguiente:
Código PHP:
AbstractDocument.AbstractElement s = (AbstractDocument.AbstractElement)it.getAttributes();