Pueden ser varias cosas...
Trabajas con OOP o programacion estructurada? Que version de PHP tenes?
Usas <? o <?php? (deberia ser el ultimo)
Si actualizaste la version de MySQL, puede ser ese el problema, cual era la ultima version que manejaste?
Proba de hacer una conexion sencilla, algo asi
Código PHP:
<?php
$link = mysql_connect('localhost','root',''); // pone el pass si tenes
mysql_select_db('tu_base',$link);
$sql = 'SELECT VERSION();';
$q = mysql_query($sql,$link);
$res = mysql_fetch_row($q);
echo $res[0];
?>