Depende de qué traiga dentro ese MKV, lo deberías analizar con MediaInfo a ver qué codecs usa y demás parámetros... Si quieres pega aquí un pantallazo para que podamos verlo.
Puede que el SUPER de erightsoft se lo trague. Si es un archivo de alta definición, aquí tienes un método más manual, es más complejo pero garantiza buenos resultados:
http://www.mundodivx.org/foro/index.php?topic=38138.0
Suerte
