Para borrar un archivo de tu sistema de archivos (valga la rebundancia) ..
Unlink()
http://www.php.net/manual/en/function.unlink.php
Y para modificarlo .. se supone que haces un upload con el nuevo archivo y lo dejas en el mismo sitio con el mismo nombre (al hacer un copy() no se pregunta o se mira si está creado; por lo menos copy() no lo hace .. lo tedrias q gestionar tu a mano con otras funciones ..
Y sobre todo .. Usar el manual de PHP que para algo está y es de "referencia" .. para usarlo!!..
Un saludo,