Hasta la fecha no tenia noticas q el uso de sesiones (session_start() .. etc) podia restringirse a un directorio ..
Habría que ver como propagas el SID (identificador Unico de sesión) y como están los valores de algunas directivas de PHP como el de:
session.use_trans_sid
Y si usas:
session.use_cookies
tal vez el de:
session.cookie_path
Pero lo mas importante es ver como propagas tu el SID .. Si lo haces automatico (es lo mas probable .. sobre todo si en este punto te estas preguntando ¿q es el SID?) .. Porqué segun lo hagas .. así deberan tener cierto valor alguna(s) de estas directivas de tu php.ini (algunas de estos parámetros los puedes ver en un phpinfo() tambien ..)
Un saludo,