Cita:  fijate esta funcion uploadifySettings para modificar opciones que dice que se puede modificar el parametro scriptData
    Justo a tiempo. 
Esto será util. Puede declarar la data posteriormente a inicializarlo: 
 Cita:  $('#fileUpload').uploadifySettings('scriptData', {'nombre': nombre, 'autor': autor});  
    De esta manera, las variables estarían "frescas", no? 
Pero me surge algo tonto. Tengo esto en document.ready: 
 Cita:  $("#go").click(function(){
 
nombre = $('#nombre').val(); 
autor = $('#autor').val(); 
 
$('#fileUpload').uploadifySettings('scriptData', {'nombre': nombre, 'autor': autor});  
alert(nombre+autor);
$('#fileUpload').fileUploadStart();
});
    Quiere decir que una vez que aprieto el boton Go! el uploader toma los valores necesarios, y arranca. Y el error que da es en esta linea:  
 Cita:  nombre = $('#nombre').val();
    Que lio! Por algo tan simple.