Provaste usando un
reset?
limpiando los float? o utilizando
comentarios condicionales?
IE tiene una propiedad llamada
hasLayout: Ciertos elementos html en IE no tienen layout y esto significa que su tamaño y posicion pasan a depender de su elemento padre (o contenedor) y solo si asignamos layout al elemento carente de layout este pasa a tener posición y tamaño propio.
Espero te sirva, saludos!